El Museo Alejandro de Humboldt está ubicado en una casa colonial en la Plaza de San Francisco de Asís, en la Habana Vieja. Su nombre proviene del científico alemán Alejandro von Humboldt, quien es considerado como la segunda persona en descubrir Cuba. Este es un museo científico dedicado a la biología y su principal objetivo es preservar la investigación y promover el legado histórico de Humboldt. Esta institución potencia el trabajo de personalidades cubanas e internacionales cuyas contribuciones se consideran relevantes para el desarrollo de la cultura en términos generales. Muestra la trayectoria histórica de los datos científicos y botánicos que recopiló por toda la isla a principios del siglo XIX, así como una exposición botánica que está compuesta fundamentalmente de helechos. En este museo hay una copia perfecta de un esqueleto de Kritosaurus encontrado en el desierto y donado por el gobierno mexicano, así como un enorme esqueleto de Pterosaurio, que tiene alrededor de 10 metros de longitud. La casa también tiene una sala de conferencias con capacidad para 100 personas y una biblioteca especializada en literatura alemana.

El Palacio del Segundo Cabo se encuentra en el lado norte de la Plaza de Armas, La Habana Vieja. Este majestuoso palacio es de estilo neoclásico y fue construido en 1772 con piedra caliza local llena de agujeros e incrustaciones marinas calcáreas. Este edificio se construyó primero como sede del vicegobernador español. Actualmente, y luego de varias remodelaciones durante las cuales funcionó como Correos, Palacio del Senado, Corte Suprema, Academia Nacional de Artes y Letras, o la Academia de Ciencias de Cuba, actualmente pertenece al Ministerio de Cultura de Cuba y alberga el Centro para la Interpretación de las Relaciones Cuba-Europa.

El Museo del Tabaco se encuentra dentro de un edificio del siglo XVIII que perteneció a la familia Bartolomé Luque, en la calle Mercaderes, La Habana Vieja. Este museo está dedicado a la preservación y exhibición de colecciones relacionadas con las plantaciones, producción y comercialización de tabaco cubano. Exhibe una gran colección de pipas, hojas y otros artículos relacionados, así como una colección de piedras litográficas y máquinas de importantes compañías de cigarros. El museo tiene una pequeña tienda donde podrá obtener diferentes habanos y artículos para fumadores.

El Museo de Arte Colonial se encuentra dentro de las construcciones más antiguas de la Habana Vieja, el Palacio de los Condes de Casa Bayona, una mansión reconstruida en 1720 por el gobernador cubano, Don Luis Chachón. En esta construcción se destacan el patio clásico y los techos trabajados en madera. El palacio cuenta con una ubicación maravillosa, justo enfrente de la catedral de San Cristóbal de La Habana. Este pequeño museo cuenta con una exposición de muebles coloniales y arte decorativo, entre los que se destacan algunos objetos de cerámica con motivos coloniales de Cuba, así como varias escenas de comedores coloniales y una fantástica colección de flores ornamentales.