El Museo Alejandro de Humboldt está ubicado en una casa colonial en la Plaza de San Francisco de Asís, en la Habana Vieja. Su nombre proviene del científico alemán Alejandro von Humboldt, quien es considerado como la segunda persona en descubrir Cuba. Este es un museo científico dedicado a la biología y su principal objetivo es preservar la investigación y promover el legado histórico de Humboldt. Esta institución potencia el trabajo de personalidades cubanas e internacionales cuyas contribuciones se consideran relevantes para el desarrollo de la cultura en términos generales. Muestra la trayectoria histórica de los datos científicos y botánicos que recopiló por toda la isla a principios del siglo XIX, así como una exposición botánica que está compuesta fundamentalmente de helechos. En este museo hay una copia perfecta de un esqueleto de Kritosaurus encontrado en el desierto y donado por el gobierno mexicano, así como un enorme esqueleto de Pterosaurio, que tiene alrededor de 10 metros de longitud. La casa también tiene una sala de conferencias con capacidad para 100 personas y una biblioteca especializada en literatura alemana.

El Museo Casa Natal de José Martí es la casa en la que nació José Martí, un político e intelectual del siglo XIX y héroe nacional de la República de Cuba. Esta humilde casa de dos plantas fue convertida en museo en 1925 y declarada Monumento Nacional en 1949. Exhibe objetos personales de José Martí, cuyo espíritu se siente en cada rincón de la casa restaurada. Fue construida a principios del siglo XIX, bastante cerca de las murallas de la ciudad, y tiene las características típicas de muchas casas en el área: un techo de tejas y paredes de mortero. La casa fue restaurada y su colección enriquecida en un proceso comunitario en 1959. Es interesante saber que este museo contiene el único retrato al óleo conocido de José Martí.

El Museo de Arte Colonial se encuentra dentro de las construcciones más antiguas de la Habana Vieja, el Palacio de los Condes de Casa Bayona, una mansión reconstruida en 1720 por el gobernador cubano, Don Luis Chachón. En esta construcción se destacan el patio clásico y los techos trabajados en madera. El palacio cuenta con una ubicación maravillosa, justo enfrente de la catedral de San Cristóbal de La Habana. Este pequeño museo cuenta con una exposición de muebles coloniales y arte decorativo, entre los que se destacan algunos objetos de cerámica con motivos coloniales de Cuba, así como varias escenas de comedores coloniales y una fantástica colección de flores ornamentales.

El Museo del Tabaco se encuentra dentro de un edificio del siglo XVIII que perteneció a la familia Bartolomé Luque, en la calle Mercaderes, La Habana Vieja. Este museo está dedicado a la preservación y exhibición de colecciones relacionadas con las plantaciones, producción y comercialización de tabaco cubano. Exhibe una gran colección de pipas, hojas y otros artículos relacionados, así como una colección de piedras litográficas y máquinas de importantes compañías de cigarros. El museo tiene una pequeña tienda donde podrá obtener diferentes habanos y artículos para fumadores.